Skiriant antibiotiką svarbu žinoti ne tik teigiamas jo savybes, bet ir galimus šalutinius reiškinius bei neigiamas pasekmes. Visada reikia prisiminti, kad antimikrobiniai vaistai veikia ne tik tą sukėlėją, kurį norime sunaikinti, bet ir visus organizme esančius mikroorganizmus, tarp jų ir natūralią mikroflorą, kuri būtina natūraliai organizmo terpei palaikyti, saugo nuo ligas sukeliančių bakterijų. Dėl neracionalaus antibiotikų vartojimo vystosi disbakteriozė ir kiti virškinamojo trakto veiklos sutrikimai. Dažniausia nepageidaujama antibiotikų vartojimo pasekmė – sutrikusi žarnyno mikrofloros pusiausvyra ir antibiotikų sukeltas viduriavimas.
Be to, antibiotikai gali veikti neurotoksiškai, ototoksiškai, nefrotoksiškai, hepatotoksiškai, hematotoksiškai. Galimos alerginės reakcijos. Dėl ilgalaikio antibakterinių vaistų vartojimo žmogaus organizme gali trūkti vitamino B.
Neracionaliai paskyrus antibakterinį gydymą ligonis ilgiau nesveiksta, liga gali progresuoti ar įgauti lėtinę eigą. Gali būti maskuojama sunki infekcija, todėl ligoniui nesveikstant sunkiau nustatoma tiksli ligos bakteriologinė diagnozė (sukėlėjas) ir parenkamas tinkamiausias preparatas.
Stebint antibiotikų vartojimo didėjimą, stebimas ir bakterijų atsparumo augimas. Gausus ir neracionalus antimikrobinių preparatų vartojimas yra varomoji jėga bakterijoms evoliucionuoti, t. y. įgyti apsauginius mechanizmus prieš ilgą laiką sėkmingai naudotus antibiotikus. Taigi bakterijos tampa atsparios antibiotikams. Įvairiose šalyse atliktų tyrimų duomenimis, mažiausiai trečdaliui ligoninėje besigydančių pacientų skiriamas gydymo kursas antibiotikais ir apie 50 proc. šių paskyrimų yra nereikalingi arba paskiriami netinkamai.